Der geschäftsführende Vorstand besteht aus der/dem geschäftsführenden Vorsitzenden, der/dem SchatzmeisterIn, der/dem Vorsitzenden der Ambulanzkonferenz, sowie mindestens einem weiteren Vorstandsmitglied. Mindestens ein Vorstandsmitglied soll Kinder- und Jugendlichenpsychotherapeut/in sein.
Der geschäftsführende Vorstand wird von der Mitgliederversammlung auf die Dauer von zwei Jahren gewählt. Mitglieder des geschäftsführenden Vorstands dürfen nicht gleichzeitig Ethikbeauftragte sein.