Der geschäftsführende Vorstand besteht aus der/dem geschäftsführenden Vorsitzenden, der/dem SchatzmeisterIn, der/dem Vorsitzenden der Ambulanzkonferenz, sowie mindestens einem weiteren Vorstandsmitglied. Mindestens ein Vorstandsmitglied soll Kinder- und Jugendlichenpsychotherapeut/in sein. 

Der geschäftsführende Vorstand wird von der Mitgliederversammlung auf die Dauer von zwei Jahren gewählt.  Mitglieder des geschäftsführenden Vorstands dürfen nicht gleichzeitig Ethikbeauftragte sein.